Aussi appelé Carthage, c'est sans doute le plus intrigant des territoires. Il y règne une ambiance renfermée, vu qu'on n'y voit pas le ciel. On ne voit que des milliers de cubes, de parallélogrammes. Le territoire est caché au cœur de Lyoko, et cache lui aussi le cœur de Lyoko, on y accède a partir des extrémités des quatre autres territoires en entrant le code « SCIPIO », on est ensuite emmené par une boule géante portant le logo de Xana. Carthage est d'ailleurs le territoire de XANA, l'endroit où il vit.
Le territoire est composé de beaucoup de salles :

- L'Arena, l'endroit où l'on débarque lorsque la boule géante (le transporteur) se pose. La pièce circulaire est entourée de murs bleus, caractéristiques du 5ème Territoire.
- Les labyrinthes du Noyau : Endroit qui change d'apparence à chaque fois il garde tout de même les caractéristiques du 5eme territoire, c'est à dire les murs et le plancher bleus. Lorsque l'on entre dans cette salle, un compte à rebours se met en place et il faut absolument l'arrêter avant qu'il n'atteigne zéro. Une clef dissimulée quelque part dans le labyrinthe permet de stopper ce compte à rebours. Si l'action échoue, nous ne sommes pas dans la capacité de savoir ce qu'il se passe, mais certainement la devirtualisation complète de votre ADN.
- La Voûte Céleste : C'est un énorme plafond composé de milliers de chiffres. Il n'est pas recommandé de tomber dedans si vous voyez ce que je veux dire. Vous serez principalement attaqué par des Mantas dans cet endroit. Des monstres "terestres" pourront vous attaquer depuis Carthage - la sorte de planète -.
- La Salle du Cœur : Des clapets géants, battant comme un cœur humain, voila ce que l'on découvre en rentrant dans cette salle. Mais le plus important, on y trouve le cœur de Lyoko. En effet, le symbole de Lyoko (ou de XANA) flotte, entouré de deux cubes transparents, sorte de protections. XANA tentera a maintes reprises de la détruire grâce à ses monstres mais n'y parviendra pas.