Les monstres travaillent pour XANA, ce sont donc des créatures tout à fait virtuelles dont le seul pouvoir est de devirtualiser les hommes, pour la plupart. Il existe de nombreuses espèces de monstres (qui sont décrites plus bas). Pour la plupart; le moyen le plus sur de les détruire est de les attaquer et de toucher le point où l'on voit l'œil de XANA. Ou encore de les faire tomber dans la mer numérique.

Kankrelats : Mesurant environs 50 cm, ces monstres ne sont pas les plus rapides qui soit, ils peuvent jeter des lasers rouges pour attaquer. Ils ne sont pas les créatures les plus intelligentes de Lyoko, ils sont même les monstres les plus faibles de XANA. Son seul atout est sa petite taille qui lui permet de se dissimuler n'importe où.

Blocks : Un gros cube marron, ressemblant a un gros cube de terre cuite craquelé, le block possède quatre yeux, avec leur premier œil, ils peuvent tirer des lasers. Le deuxième et le troisième permettent de lancer des rayons gelant et des faisceaux de feu circulaires. Leur quatrième eoil est le point faible.

Krabes : Plus grands qu'un homme, les crabes sont très ressemblant aux crabes présents sur terre. Ils sont rouges et possèdent, sur leur dos, l'œil de XANA. Atteindre cette marque est la seule manière de tuer cette bête à coup sur. Il possède plusieurs lasers, mais peut aussi se servir de ses longues pattes pour éjecter les Lyokoguerriers.

Frelions : Bêtes volantes de taille moyenne plutôt rapides, pour les tuer, ils faut toucher l'œil de XANA présent sur le front du monstre. Ils se déplacent en groupe et ont une grande mobilité, par le fait qu'ils peuvent voler. Ils ont un laser sur leur dard mais aussi utiliser une attaque, beaucoup plus dangereuse qui consiste à sortir une trompe de leur dard, pouvant empoisonner leur adversaire. Cette technique n'est pas souvent utilisée car nécessite beaucoup de précision mais lorsqu'elle est utilisée et réussie, elle inflige de nombreux dégâts.

Mégatanks : Très grands et très lourds, ils sont moins communs que les monstres cités si dessus, ils sont cependant très rapides. Il se présente comme une énorme boule de métal gris capable de se séparer en deux pour faire apparaitre deux yeux de XANA, cible qu'il faut toucher pour le dévitaliser, qui peut lancer des rayons demi-circulaires qui peuvent dévitaliser automatiquement un Lyokoguerrier s'il est touché.

Tarentules : Comme pour les autres, la cible de XANA est a atteindre si vous souhaitez la dévirtualiser à coup sur, celle-ci se trouve sur son front. La tarentule est une créature redoutable, sans doute l'une des plus puissantes de XANA. Perchée sur quatre pattes, chacune est pourvue d'un laser

Rampants : Ce monstre se trouve uniquement sur le 5eme territoire. Pour les détruire, il suffit de les attaquer et de les toucher, atteindre l'œil de XANA n'est pas obligatoire. Il possède une petite tête dont le 3/4 est occupé par un "œil" capable de tirer des lasers. C'est sans doute le monstre le moins résistant de Lyoko.

Mantas : Enormes créatures plates, semblables aux raies que l'on trouve sur terre, les Mantas sont des créatures volants capable de se déplacer n'importe où sur Lyoko mais se trouvant principalement à Carthage. Pour les détruire, la cible XANA se trouve sur leur dos. Elles ont deux armes à leur disposition : la première est un double laser puissant qui se trouve au niveau de leur bouche. Elles peuvent aussi pondre des mines explosives qui peuvent flotter et donc créer des murs de défense.

La Méduse : La seule, l'unique de Lyoko. Elle mesure plus de 10 mètres de haut et est pourvue d'immenses tentacules transparentes. Elle n'est pas très rapide mais il est impossible de la détruire. Elle est cependant assez intelligente pour partir si la situation devient trop périlleuse. On peut lui couper les tentacules. Mais elles sont ses armes les plus redoutables, elles peuvent immobiliser sa victime, la percuter pour l'éjecter au loin, mais aussi absorber la mémoire, voler le code ADN et même transmettre un virus qui passe une personne virtuelle sous contrôle de XANA. C'est la créature la plus redoutée par les Lyokoguerriers.

Kolosse : Sans doutes le plus grand et le plus redoutable des monstres de Lyoko. La façon de le détruire la plus rapide est de toucher la cible (XANA) sur son bras ou sur sa tête. Le Kolosse possède une épée intégrée, c'est sont bras. Etonnement fort, il est dur à vaincre et peut causer énormément de dégâts.